La Universidad Nacional de Tres de Febrero fue creada por Ley N° 24.495, sancionada el 7 de junio de 1995, promulgada de hecho el 30 de junio de 1995, publicada el 5 de julio de 1995 en el “Boletín Oficial de la República Argentina” N° 28.178.
El partido de Tres de Febrero poseía características geográficas, humanas y
socioeconómicas que hacían necesaria una institución de educación superior universitaria adecuada a dichas necesidades.
Con una población estabilizada en las mismas cifras durante casi treinta años, y pese a existir en la zona cuatro Universidades (San Martín, La Matanza, General Sarmiento y la Regional San Martín de la Universidad Tecnológica Nacional), las vacantes existentes eran insuficientes. En estas circunstancias, una gran proporción debía emigrar hacia la Universidad de Buenos Aires, perdiendo recursos y tiempo en el proceso, además de recargar aún más la demanda educativa de esa institución.
El primer Rector designado fue Jorge Taiana, quien presentó la renuncia, designándose entonces como Rector-Organizador a Ignacio Palacios Hidalgo.
El 3 de octubre de 1997 se inauguró la primera sede de la institución en la calle Los Aromos 6231 El Palomar. Ese año, asume el cargo Aníbal Jozami (actual Rector Emérito). Desde marzo de 2023, Martín Kaufmann se desempeña como Rector de la UNTREF.

La Biblioteca de la Universidad Nacional de Tres de Febrero, comienza a funcionar en la primera sede de la UNTREF, en la localidad de El Palomar en la Calle Los Aromos, el 7 de enero de 2002. La directora designada fue Marta Marilef. En la actualidad, la dirección está a cargo de Mariana Ambrosio, quien en el inicio de las actividades era una de las tres estudiantes de bibliotecología, junto a Marta Cardoni y Alicia Donato. Las tareas comenzaron siendo el sellado e inventariado de los primeros ejemplares de libros, para volcar los datos en una planilla de Excel. Luego se comenzaron a cargar registros en el software Winisis, junto a los demás procedimientos referidos a la gestión.
En el mes de marzo, la Biblioteca se trasladó a la nueva sede construida por la universidad en Caseros (actual Sede I). Se contaba con 1500 ejemplares y algunas publicaciones.
La Biblioteca de la institución, nace para apoyar y acompañarla en su tarea de enseñar, investigar y brindar servicios a la comunidad académica y a la sociedad optimizando el acceso a los recursos bibliográficos e informáticos mediante la implementación de herramientas técnicas actualizadas y asumir su rol central de difusor y gestor de la información y el conocimiento, en un espacio de libre acceso a las ideas y la creación.
En en el período comprendido entre los años 2014 y 2015, un equipo realiza 4 viajes a Maimará (Jujuy), para informatizar la Biblioteca personal de Rodolfo Kusch y realizar tareas de restauración de los ejemplares. También se comienza con el trabajo sobre el Fondo de archivo que lleva su nombre. Se creó el Cuadro de Clasificación y se digitalizaron las primeras 5 cajas de los originales producidos por el pensador argentino. Dicha sede quedó a cargo de Lina Mamani y actualmente está siendo gestionada por la familia, a través de Veronica Kusch (nieta de Rodolfo y Elizabeth Lanata de Kusch).
El 29 de noviembre de 2023 se realiza el primer traslado de ejemplares a la nueva sede construida en el Campus de Villa Lynch. En abril de 2025 comienza la atención al público para préstamo o devolución de ejemplares, y el martes 13 de mayo del mismo año, se habilita el ingreso a los primeros usuarios de la sala.
Actualmente se cuenta con cuatro sedes que trabajan de forma coordinada y cooperativa, conformando el sistema de Bibliotecas de la UNTREF.